Les NAM pour la génotoxicologie, des modèles de fondation transformant la biologie, consultation de l’EMA, nouvelle conception d’anticorps avec l’IA générative et plus encore
Actus des méthodes non-animales
24 - 28 FÉVRIER 2025NEWS, RAPPORTS, PRISES DE POSITION
1. Développer des méthodes alternatives pour tester la génotoxicité
Un nouvel avis du Comité consultatif scientifique de l’EURL ECVAM (ESAC) sur la validité scientifique des tests in vitro du comète (comet assay) couplé au micronoyau (MN) sur des modèles de peau humaine reconstruite (RS pour Reconstructed human Skin) vient d’être publié. À travers cet avis, le comité a examiné la pertinence de la conception et de la gestion de l’étude, la qualité des résultats obtenus et la plausibilité des conclusions tirées.
L’ESAC conclut que les preuves fournies avec le test du comète sur RS sont suffisantes et adéquates pour étayer sa validité scientifique pour une utilisation avec des produits chimiques qui se révèlent positifs dans les tests d’Ames ou de mutation génétique sur cellules de mammifères, y compris les produits chimiques qui nécessitent une bioactivation. Ces tests sont proposés comme suite à la batterie de tests traditionnels de génotoxicité in vitro sans qu’il soit nécessaire de recourir à des tests de confirmation sur les animaux.
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2. Comment les modèles in vitro complexes relèvent les défis de la prédiction DILI
Prédire quels médicaments pourraient provoquer des lésions hépatiques (DILI) est très complexe et les méthodes actuelles, modèles cellulaires 2D et tests sur animaux, ne sont pas suffisamment sensibles pour éviter certains échecs coûteux dans les essais cliniques ou pour éviter tous les problèmes de sécurité des patient(e)s pour les DILI après la mise sur le marché.
Le 24 avril 2023, l’Alliance for Human Relevant Science a organisé un atelier à la Royal Society de Londres intitulé “Drug-Induced Liver Injury (DILI) : Can Human-Focused Testing Improve Clinical Translation ?”. Un article d’opinion, rédigé par les participant(e)s, s’appuie sur ces discussions pour fournir un « état des lieux » des modèles in vitro complexes du foie avec des recommandations sur la manière d’encourager leur plus grande adoption par l’industrie pharmaceutique.
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3. OASIS : un nouveau programme de recherche européen pour optimiser les conjugués anticorps-médicaments
Le projet OASIS, Optimal methods to characterize ADC (antibody drug conjugate) resistance in Solid tumours and Identify clinically utility biomarkers, a reçu une subvention de 9,9 millions d’euros de la Commission européenne pour une durée de 5 ans afin de se concentrer sur le développement de conjugués anticorps-médicaments, une nouvelle classe de thérapies contre le cancer. Ces traitements innovants ciblent les cellules cancéreuses avec précision, réduisant ainsi les dommages aux tissus sains.
Porté par le Dr Barbara Pistilli à Gustave Roussy, le projet vise à développer des outils pour aider les cliniciens à sélectionner l’ADC le plus adapté à chaque patient(e), en tenant compte de ses caractéristiques cliniques et de la biologie de sa tumeur. Pour y parvenir, le projet s’appuie sur des essais cliniques multicentriques intégrant différentes technologies de pointe, telles que les nouvelles techniques de médecine nucléaire, la pathologie numérique, les biopsies liquides et la génération d’organoïdes dérivés des tumeurs de patient(e)s.
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INTERVIEWS, NOMINATIONS, RÉCOMPENSES
4. IA, MPS et la fin des tests sur les animaux ?
Du 11 au 13 février, le WORD+ 25 sur les organoïdes et les OOC s’est tenu à Cambridge, au Royaume-Uni. Le professeur Thomas Hartung a donné une conférence intitulée “Alternatives animales fondées sur des preuves pour la découverte de médicaments”, où il a exploré le besoin urgent de modèles plus pertinents pour l’homme dans le développement pharmaceutique.
La revue Technology Networks a rencontré le professeur Hartung après l’événement pour discuter de ses idées sur l’avenir des tests de médicaments, le rôle de l’IA en toxicologie et les défis réglementaires et éthiques liés à l’abandon des tests sur animaux.
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5. Orakl Oncology reçoit le Prix de l’Innovation “Le Point” dans le domaine de la santé
Le Dr Fanny Jaulin, PDG et cofondatrice d’Orakl Oncology, a reçu le Prix de l’Innovation “Le Point” dans le domaine de la santé dans la catégorie Med tech. Son travail combine biologie cellulaire, IA et ingénierie pour reproduire la réponse aux médicaments en laboratoire.
« Cette reconnaissance témoigne du travail acharné, de la passion et de l’engagement de mes cofondateurs Diane-Laure et Gustave et de tous les membres d’Orakl qui repoussent chaque jour les limites de l’innovation pour révolutionner le développement de médicaments oncologiques », déclare-t-elle.
Lire l’article dans le journal Le Point
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6. Série de modèles de fondation : Zelda Mariet de Bioptimus transforme la biologie
Zelda Mariet, cofondatrice et chercheure principale chez Bioptimus, a récemment participé à une série de conversations sur les vastes possibilités et les diverses applications des modèles de fondation, des réseaux neuronaux d’IA formés sur des ensembles massifs de données brutes anonymisées.
Zelda partage ses réflexions sur le travail de Bioptimus et pourquoi il est si essentiel dans ce domaine. Elle décrit les trois composants principaux impliqués dans la construction de ces modèles et explique ce qui distingue leur modèle d’histopathologie des nombreux autres modèles publiés aujourd’hui. « Bioptimus construit des modèles de fondation pour la biologie. Ces modèles sont essentiellement des modèles de machine learning qui prennent extrêmement de temps à entraîner [et] qui le sont sur une quantité incroyable de données. » — Zelda Mariet
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OUTILS, PLATEFORMES, APPELS
7. Consultation de l’EMA sur la qualification des impuretés non mutagènes
En décembre 2024, l’EMA a publié un document de réflexion qui examine l’évaluation de la sécurité des impuretés non mutagènes (NMI, non-mutagenic impurities) dans les produits pharmaceutiques synthétisés chimiquement, destiné à établir un cadre pour faciliter les discussions futures entre les parties prenantes. Le document de réflexion aborde différentes approches non animales, qui pourraient fournir des informations plus spécifiques sur les composés que les études animales.
Le 30 janvier 2025, l’EMA a lancé une consultation publique sur ce document de réflexion, dans le but de recueillir les contributions et les commentaires des parties prenantes. La date limite pour les commentaires est le 30 avril 2025.
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INDUSTRIES, BIOTECHS, PARTENARIATS
8. Un modèle de fondation massif est désormais disponible via NVIDIA BioNeMo
Les scientifiques du monde entier peuvent désormais accéder à Evo 2, un nouveau modèle de fondation puissant qui comprend le code génétique de tous les domaines de la vie. Dévoilé comme le plus grand modèle d’IA accessible au public pour les données génomiques, il a été construit sur la plateforme NVIDIA DGX Cloud dans le cadre d’une collaboration menée par l’organisation de recherche biomédicale à but non lucratif Arc Institute et l’université de Stanford.
Entraîné sur un très large ensemble de données de près de 9 000 milliards de nucléotides (les éléments constitutifs de l’ADN et de l’ARN), Evo 2 peut être appliqué à des fins de recherche biomoléculaire, notamment la prédiction de la forme et de la fonction des protéines en fonction de leur séquence génétique, l’identification de nouvelles molécules pour les applications médicales et industrielles et l’évaluation de la manière dont les mutations génétiques affectent leur fonction.
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9. Insilico Medicine publie des données de référence pour ses produits thérapeutiques conçus par l’IA
Insilico Medicine a publié des données de référence détaillant les délais et les indicateurs de développement de 22 candidats médicaments précliniques (PCC, preclinical candidates) obtenues entre 2021 et 2024. Ces indicateurs auto-évalués offrent un aperçu du travail de découverte de médicaments de l’entreprise, démontrant un délai moyen de 13 mois pour la nomination de PCC, une réduction par rapport au processus traditionnel de 2,5 à 4 ans.
L’entreprise attribue ces délais à sa plateforme pilotée par l’IA, qui intègre des modèles de deep learning pour la conception moléculaire, la sélection des cibles et la validation préclinique. En publiant des données détaillées sur les délais de développement et les taux de synthèse moléculaire, Insilico cherche à initier des efforts plus larges de l’industrie pour établir des normes de validation plus claires pour les produits thérapeutiques conçus par l’IA, comblant ainsi une lacune dans l’évaluation comparative standardisée au sein de la découverte de médicaments pilotée par l’IA.
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10. Faire progresser la découverte de médicaments en immunologie grâce à des modèles de tissus humains en 3D
Le développement de thérapies efficaces contre les maladies immunologiques reste un défi majeur en raison de la complexité du système immunitaire et des limites des modèles précliniques traditionnels. De nombreux candidats médicaments prometteurs échouent lors des essais cliniques en raison d’un manque de précision prédictive dans les modèles in vitro et in vivo existants.
La société de biotechnologie Mimetas a publié un livre blanc qui examine comment les modèles de tissus 3D avancés peuvent améliorer la pertinence translationnelle dans la découverte de médicaments en immunologie, en relevant les principaux défis de maladies telles que les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) et l’insuffisance rénale chronique (IRC).
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DÉCOUVERTES SCIENTIFIQUES & PROTOCOLES
11. Nouvelle conception d’anticorps avec l’IA générative
La découverte traditionnelle d’anticorps nécessite beaucoup de temps et de ressources, car elle requiert le criblage de grandes bibliothèques de données immunitaires ou synthétiques. Elle offre peu de contrôle sur l’édition des séquences, ce qui peut donner lieu à des candidats principaux avec une liaison sous-optimale ou des attributs de développement médiocres.
Un nouveau poster d’absci démontre le potentiel de l’IA générative avec l’apprentissage zero-shot (ZSL, zero-shot learning) pour augmenter considérablement la vitesse, la qualité et la contrôlabilité de la conception des anticorps.
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