Infrastructure paneuropéenne d’IA pour la biologie, etc.
Actus des méthodes non-animales
01 - 05 DÉCEMBRE 2025NEWS, RAPPORTS, PRISES DE POSITION
1. Première infrastructure paneuropéenne d’IA agentique pour la biologie
Lors du Sommet franco-allemand sur la souveraineté numérique à Berlin, Owkin, en collaboration avec des partenaires académiques de premier plan tels que Gustave Roussy (France) et le Charité Comprehensive Cancer Center (Allemagne), a annoncé une initiative majeure visant à construire la première infrastructure paneuropéenne d’IA agentique pour rendre les données biologiques compatibles, une étape clé vers une “superintelligence” biologique.
Ce projet a pour objectif de développer et de déployer des méthodes d’IA modernes pour soutenir la recherche biologique et le développement de médicaments. Dans un premier temps, il s’agira de soutenir l’harmonisation et la structuration des données biomédicales à travers l’Europe afin de renforcer la collaboration scientifique. Le projet combinera des systèmes d’IA et des techniques de pointe de structuration des données biomédicales pour alimenter un nouveau modèle de raisonnement capable d’automatiser et d’améliorer chaque étape de la recherche biologique et du développement de médicaments.
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- Ariane Peyret, responsable de la stratégie et des opérations commerciales chez Owkin, partage les principaux enseignements d’ESMO AI sur l’essor de l’IA agentique dans la recherche sur le cancer
2. Première greffe de cornée humaine avec un tissu bio-imprimé en 3D
Precise Bio a annoncé la première greffe réussie chez l’humain de son implant de cornée bio-imprimé en 3D, constitué de cellules oculaires humaines fonctionnelles cultivées en laboratoire. L’entreprise a qualifié cette procédure de première mondiale et d’étape majeure vers son objectif : réduire les longs délais d’attente pour les personnes en attente de greffe et confrontées à une pénurie de tissus de donneur(se)s.
Selon Precise Bio, entreprise basée en Caroline du Nord, il n’y a actuellement qu’une seule cornée disponible pour 70 patient(e)s qui en ont besoin pour voir. Cette approche de biofabrication robotisée pourrait potentiellement transformer une seule cornée en centaines de greffons cultivés en laboratoire. Elle estime que « Cette avancée marque un tournant pour l’ophtalmologie régénérative et représente un véritable espoir pour des millions de personnes atteintes de cécité cornéenne », a déclaré Aryeh Batt, cofondateur et PDG de Precise Bio, dans un communiqué.
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3. BiommoH, le plus grand ensemble de données de modèles centrés sur l’humain
La société FRESCI, mandatée par le Joint Research Centre (JRC), a compilé le Biomedical models Hub (BimmoH), la première et la plus grande base de données publique continuellement mise à jour avec des articles hautement sélectionnés sur les modèles expérimentaux basés sur la biologie humaine, alimentée par des modèles d’IA/ML interprétables, conçue pour structurer et consolider les informations sur les modèles qui soutiennent la recherche biomédicale.
En consolidant les informations sur les modèles qui s’appuient sur la biologie humaine, tels que les systèmes d’organes-sur-puce, les cultures cellulaires 3D ou les modèles computationnels, BimmoH offre aux chercheurs un outil puissant pour concevoir des études plus pertinentes et accroître la transposabilité de la recherche biomédicale. Cet ensemble de données marque une étape importante dans la volonté de l’UE de promouvoir une science plus centrée sur l’humain, conformément à la stratégie européenne pour les sciences de la vie, qui met l’accent sur l’innovation dans le domaine des biotechnologies tout en réduisant les essais sur les animaux.
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4. Amélioration des NAM pour la sécurité des aliments pour l’alimentation humaine et animale : QSAR Lab pilote un nouveau projet de l’EFSA
Depuis son premier contrat avec l’European Chemical Agency (ECHA) sur les NAM spécifiques aux nanotechnologies, qui a conduit à la création du NAMs.Network, jusqu’à la collaboration actuelle avec l’ECHA sur les NAM et le développement d’un cadre réglementaire efficace favorisant l’innovation sûre en nanotechnologie, les NAM sont devenus un élément clé du parcours réglementaire de QSAR Lab.
QSAR Lab est ainsi heureux d’annoncer sa sélection en tant que partenaire principal pour un nouveau projet avec l’European Food and Safety Agency (EFSA). Au cours des deux prochaines années, l’équipe de QSAR Lab travaillera sur des recommandations pratiques pour l’intégration des données relatives aux NAM dans les évaluations des risques de l’EFSA portée sur les aliments à usage humain et animal, une meilleure utilisation des méthodes in silico, in chemico et in vitro, et la promotion des 3R en réduisant le recours à de nouveaux tests sur les animaux.
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OUTILS, PLATEFORMES, APPELS
5. TOXBOX : Une plateforme flexible et intégrée pour des tests de toxicité chimique complets
L’approche Safe and Sustainable by Design exige un suivi de la toxicité des produits chimiques tout au long de leur cycle de vie. TOXBOX ambitionne de proposer une plateforme fournissant des données de toxicité fiables dans des conditions pertinentes pour chaque substance chimique. Ce dispositif est sur un prototype développé dans le cadre du projet H2020 PANBioRA, avec une architecture microfluidique et instrumentale flexible offrant une plateforme de test prête à l’emploi pour faciliter l’accès et la validation interlaboratoires. Des modèles in silico progressifs des effets à long terme seront développés de manière itérative.
Pour ce projet, le CEA-Leti contribue notamment en fournissant des puces microfluidiques standardisées, une carte de circuit fluidique modulaire pour des tests simples et rapides, et des capteurs électrochimiques améliorés pour le suivi de la toxicité en temps réel. Une étape clé vient d’être franchie : les premières puces microfluidiques du CEA-Leti ont été validées par les partenaires du projet, avec des résultats préliminaires prometteurs.
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INDUSTRIES, BIOTECHS, PARTENARIATS
6. Cadre pharmacologique open source pour la découverte de médicaments avec l’IA
Ginkgo Bioworks, via sa division Ginkgo Datapoints, a lancé le Virtual Cell Pharmacology Initiative (VCPI), créant ce qu’elle décrit comme le premier cadre pharmacologique open source pour la modélisation virtuelle à l’échelle cellulaire. Ce projet vise à établir une base standardisée pour la découverte de médicaments avec l’IA en fournissant gratuitement aux chercheur(e)s du monde entier des données pharmacologiques de haute qualité.
L’objectif de VCPI est de tester au moins 100 000 composés et de produire plus de 12 milliards de points de données pharmacologiques, constituant un ensemble de données accessible et optimisé pour la recherche virtuelle à l’échelle cellulaire. Ce projet entend combler une lacune majeure dans le domaine : le manque de données standardisées et reproductibles permettant d’entraîner des modèles d’IA prédictifs du comportement cellulaire.
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7. Humabiologics et l’AATB transforment les dons pour la recherche sur les organoïdes neuronaux
Alors que la communauté scientifique recourt de plus en plus aux organoïdes pour leurs recherches, le débat éthique autour des expériences utilisant ces organoïdes et de la provenance des cellules humaines est au cœur des discussions. Des scientifiques de renom ont partagé leurs préoccupations sur les questions éthiques et sociales de plus en plus pressantes liées à la recherche sur les organoïdes neuronaux humains et les assembloïdes. Il est essentiel que ces cellules humaines proviennent de sources éthiques, mais il est tout aussi impératif de garantir que tous les autres composants des organoïdes humains le soient également.
Chaque année, près de 10 000 organes donnés restent inutilisés, soit près de 20 % des dons, et sont éliminés comme déchets médicaux. Humabiologics s’est associé à des banques de tissus accréditées par l’AATB pour transformer ces dons en matériaux de recherche, grâce à son enregistrement auprès de la FDA. Ce partenariat vise à fournir des biomatériaux humains pertinents, issus de sources éthiques, permettant ainsi aux chercheur(e)s de mener des recherches véritablement éthiques et respectueuses de l’humain.
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DÉCOUVERTES SCIENTIFIQUES & PROTOCOLES
8. Conception de novo d’anticorps à l’échelle atomique
Malgré le rôle central des anticorps en médecine moderne, il n’existe actuellement aucune méthode permettant de concevoir in silico de nouveaux anticorps spécifiques d’épitope. La découverte d’anticorps repose actuellement sur l’immunisation, le criblage aléatoire de banques d’anticorps ou l’isolement direct d’anticorps chez les patient(e)s.
Dans un article récent, des chercheur(e)s démontrent que la combinaison de la conception computationnelle de protéines à l’aide d’un réseau RFdiffusion (une méthode de modélisation structurelle en libre accès) finement paramétré et du criblage Yeast Display (avec des levures) permet la génération de novo d’anticorps complets se liant à des épitopes spécifiés par l’utilisateur(rice) avec une précision atomique. Cette approche établit un cadre pour la conception informatique, le criblage et la caractérisation d’anticorps entièrement nouveaux, avec une précision atomique tant au niveau de la structure que du ciblage des épitopes.
Lire la publication dans Nature
- Concernant la conception d’anticorps à visée thérapeutique, consultez l’étude récente de Chai Discovery. Les chercheur(e)s ont élargi le champ d’application de la conception d’anticorps de novo en utilisant la plateforme de pointe Chai‑2 pour concevoir des anticorps thérapeutiques monoclonaux complets, pour des cibles à la fois conventionnelles et plus complexes.
9. Criblage à grande échelle de médicaments sur une banque d’iPSC de patient(e)s atteint(e)s de SLA‑S
Les maladies neurodégénératives hétérogènes et majoritairement sporadiques, telles que la sclérose latérale amyotrophique (SLA), restent très difficiles à modéliser. Les technologies de cellules souches pluripotentes induites (iPSC) dérivées de patient(e)s offrent de grandes perspectives pour ces maladies ; cependant, les études à grande échelle démontrant une neurodégénérescence accélérée chez les patient(e)s atteint(e)s de la forme sporadique de la maladie sont limitées. Une étude récente a généré une banque d’iPSC à partir de 100 patient(e)s atteint(e)s de SLA sporadique (SLA‑S) et a réalisé un criblage phénotypique à l’échelle de la population.
Les motoneurones dérivés de patient(e)s atteint(e)s de SLA‑S ont reproduit des aspects clés de la maladie. Le criblage de médicaments précédemment testés dans des essais cliniques sur la SLA a révélé que 97 % d’entre eux n’ont pas réussi à atténuer la neurodégénérescence, ce qui reflète les résultats des essais et valide le modèle de SLA‑S. Des tests combinatoires de médicaments efficaces ont identifié le baricitinib, la mémantine et le riluzole comme une combinaison thérapeutique prometteuse pour la SLA‑S. Ces résultats démontrent que les modèles de cellules iPSC dérivées de patient(e)s peuvent reproduire les caractéristiques de la maladie dans les formes sporadiques, ouvrant la voie à une nouvelle génération de modélisation de la maladie et de découvertes thérapeutiques pour la SLA.
Lire la publication dans Nature Neuroscience (EN)
10. Alternatives au Matrigel : Etude exploratoire sur des cellules HepaRG
De nombreux modèles NAM in vitro dépendent encore fortement du Matrigel et du collagène, malgré les préoccupations éthiques, de reproductibilité et biomédicales liées à l’utilisation de matériaux d’origine animale. Plusieurs hydrogels de matrice extracellulaire non dérivés d’animaux sont apparus sur le marché. Cependant, les études NAM avec des hydrogels alternatifs restent rares.
Une récente étude, publiée dans Frontiers par Katharina Nitsche, Paul Carmichael, Sophie Malcomber, Iris Müller, et Hans Bouwmeester d’UnileverSafety, Environmental and Regulatory Science (SERS) et Wageningen University & Research, a cherché à déterminer si les nouvelles alternatives sont réellement prêtes à remplacer le Matrigel. Les hydrogels évalués comprennent PeptiMatrix Core et PuraMatrix (peptides synthétiques), VitroGel Organoid‑3 (polysaccharide synthétique), GrowDex (polysaccharide dérivé du bois) et un mélange Matrigel-collagène (référence d’origine animale). Chaque matrice a été utilisée pour la culture de cellules HepaRG dans des plaques 96 puits avec le système MIMETAS OrganoPlate MPS.
Lire l’étude (EN)
A NE PAS MANQUER
Rapport biennal 2023 – 2024 du groupe de travail 3Rs de l’EMA (3RsWP) a été publié
une étape importante pour le développement de nouvelles approches méthodologiques dans les sciences réglementaires de l’UE
Appel à candidatures pour l’EUROoCS Digital Meeting – Organ-on-Chip Industry Edition II
une plateforme unique aux experts du secteur pour présenter leurs dernières recherches et innovations technologiques. Date limite de candidature : 31 décembre 2025
NIH Replication Prize
Vos idées aideront les NIH à identifier les domaines où les études de réplication sont les plus nécessaires et à développer des stratégies pour renforcer la rigueur et la reproductibilité de la recherche biomédicale. Date limite de candidature : 19 décembre 2025
